本　　　尊

薬師如来

本尊の真言

おん、ころころ、せんだり、まとぅぎ、そわか

詠　　　歌

色も香も、無比中道の藤井寺、真如の波の、たたぬ日もなし

由　　　来

弘仁六年、弘法大師四十二歳の時、諸人と共に厄除け危難を除くために、薬師如来（三尺）の尊像を刻んで寺を建立、金剛不壊の護摩壇を八畳岩に築き、御修法を行って、山門わきに藤の苗木を植えたという由緒から金剛山藤井寺の山号がつけられたといいます。天正年間、長曽我部の兵火にあい焼かれたものの本尊は一人で谷に転がり難をのがれた。更に天保年間(1831)の失火で諸堂を焼き、当時の住職も焼死されたが、本尊は近くにある報恩寺の住職に抱きかかえられ難をのがれたといわれる。再三の厄難をのがれたご本尊を人々は厄除けの「お薬師さま」として篤く信仰される弘法大師は、自刻の尊像を奉安、堂塔の前に五色の藤が植えられ藤井寺と名づけられた。
四国霊場は全部真言宗と思っている人が多いが、この寺は曹洞宗である。ほかにも、天台宗や臨済宗、時宗がある。

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